En sí misma, la corrupción es una forma de violar los derechos humanos, puesto que el dinero que se embolsan los corruptos puede permitir que se construyan hospitales, carreteras o colegios.

Sin embargo, en el caso del gobierno de Toledo también hay una serie de violaciones a los derechos humanos por los cuales ni él ni sus ministros han sufrido mayor condena moral, ni menos judicial. 

A los pocos meses de comenzar su régimen, el 19 de febrero del 2002, falleció en San Clemente (Ica), el anciano Marcelino Sulca, durante una protesta de campesinos algodoneros. La policía arrojó bombas lacrimógenas desde helicópteros, afectando a personas sin relación con el conflicto, especialmente niños. El alcalde acudió a la comisaría con varios campesinos para pedir que cesaran los ataques aéreos, pero también fueron agredidos por los policías con bombas lacrimógenas, una de las cuales impactó al anciano Marcelino Sulca en la cabeza.  

El Ministro del Interior de entonces, Fernando Rospigliosi, defendió la actuación policial y amenazó con denunciar al alcalde y las demás autoridades que respaldaran a los campesinos. Señaló que la policía continuaría actuando con energía y lanzando bombas lacrimógenas desde los helicópteros. Toledo, naturalmente, ni se inmutó.

Cuatro meses después, en junio, ante las protestas en Arequipa contra la privatización de las empresas eléctricas y las agresivas declaraciones de Rospigliosi, Toledo declaró el Estado de Emergencia y el toque de queda. La policía se comportó como una verdadera fuerza de ocupación en Arequipa y fallecieron, también impactados por bombas lacrimógenas en la cabeza, los estudiantes Edgar Pinto y Fernando Talavera.

En medio del total descrédito, Rospigliosi tuvo que renunciar, siendo sucedido por Gino Costa como Ministro del Interior. A las pocas semanas, falleció en Puerto Maldonado el agricultor Wilson Santos, cuando la policía repelía una turba de saqueadores, al mando del futuro Presidente Regional. Sin embargo, la sanción dispuesta por Costa a los policías que golpearon a unos periodistas ante el Congreso redujo considerablemente los excesos policiales. Durante el resto de su gestión y la de Alfredo Zanabria no hubo víctimas fatales.

El 29 de mayo del 2003, Toledo declaró el Estado de Emergencia a nivel nacional por una huelga magisterial, dejando el control del orden a las Fuerzas Armadas. En Puno, los soldados dispersaron una manifestación estudiantil disparando al cuerpo a los estudiantes, matando a Edy Quilca y dejando muchos heridos graves, el peor de todos, Elmer Hilaita, con una grave lesión cerebral.

Durante los meses que Rospigliosi regresó al cargo de Ministro del Interior, sendas intervenciones policiales produjeron otras tres muertes: el 27 de noviembre del 2003 Efraín Arzapalo, presidente de la comunidad campesina de Matacancha fue asesinado de varios disparos en el pecho, mientras protestaba contra la contaminación del lago Junín por relaves mineros. Enrique Mega, agricultor de Pucalá (Lambayeque) falleció el 2 de febrero del 2004 y en Piura Reemberto Herrera murió el 24 de abril, durante la primera movilización campesina contra la empresa minera Majaz.

El 19 de octubre del 2004, siendo Ministro del Interior Javier Reátegui, la policía disparó por la espalda a un grupo de campesinos cocaleros en San Gabán (Puno), falleciendo Nicolás Gonzales, Florencio Quispe y Mauro Surco. La versión de Reátegui fue que campesinos “narcoterroristas” ebrios estaban atacando la central hidroeléctrica, pero ésta se encontraba a 34 kilómetros. Mientras un helicóptero trasladó a un policía herido, los campesinos heridos fueron abandonados a su suerte y fallecieron.

En agosto del 2005 fallecía víctima de la represión policial, el campesino Melanio García que había salido de Ayabaca para protestar contra la empresa Majaz. Las circunstancias fueron similares a la muerte de Reemberto Herrera. Además, en el campamento de la empresa, decenas de campesinos, incluyendo varias mujeres, fueron torturados por la policía. Los crímenes, revelados mediante fotografías, originaron que la empresa Monterrico Metals pagara una cuantiosa indemnización a las víctimas, al ser demandada ante la justicia británica, pero ningún policía o funcionario han sido sancionados.

En febrero del 2006 fue el turno de Mario Vargas, un estudiante de Datem del Marañón que protestaba contra la postergación de su provincia; y en el mes de mayo falleció Guillermo Tolentino, un campesino de Huaraz que exigía mejores condiciones laborales al “service” mediante el cual la empresa Barrick ofrece trabajo a los comuneros. El 8 de julio murió Zoilo Huertas, un pescador que participaba en una manifestación contra una empresa langostinera que contaminaba Puerto Pizarro (Tumbes) El Ministro del Interior durante esos meses fue Rómulo Pizarro.

Por supuesto que Toledo se jactaba públicamente de que su gobierno no era como el de Fujimori, porque ni era corrupto ni tenía “sangre en las manos”. 

Es verdad que en los años siguienes decenas de personas fallecieron durante los gobiernos de García y Humala, pero fue el régimen de Toledo el que marcó la conducta de sus sucesores frente a las movilizaciones sociales, asumiendo que fuera normal la represión indiscriminada y violenta.    No es sorprendente que, Carlos Basombrío, Viceministro del Interior en esos años, haya felicitado a la Policía por "su impecable labor" en Puente Piedra, después que se abrió fuego con perdigones hiriendo a muchas personas, en varios casos de gravedad.